南港島綫(東段)將採用中型鐵路系統，混合隧道和高架橋形式建造。南港島綫(東段)列車只有三卡，月台相對較短，車站面積亦較小，服務班次與現有港鐵綫相約。

除了香港仔隧道收費亭至鴨脷洲一段高架橋外，南港島綫(東段)大部分是地下鐵路。高架橋的設計及外觀，將採用流線形設計的橋墩、並以和諧的色調配搭不同種類的物料建造高架橋的隔音屏障，使之與南區周邊環境互相配合。此外，沿高架橋或會進行園景美化工程，以改善環境及增加公共休憩空間。